Informática & genética: unidos em torno da fita

Enganam-se quem pensa que o trabalho com informática limita-se à generalização equivocada de hackers. Os acadêmicos do curso de ciências da computação da Unifra, Guilherme Kurtz e Tiago Bonini estão inteirados da linguagem genética. A dupla está às voltas dos 23 pares que compõem a fita cromossomática afim de analisá-las de maneira a melhor precisar as imagens desses filamentos espiralizados.

Desde o mapeamento do genoma humano iniciado na década de 90 e finalizado em 2003, com o seqüenciamento de 99,9% de “nós mesmos” como apregoou o meio científico – houve um revés não só no meio científico como em toda sociedade. A espera de uma década para a decodificação do mapa genético foi possível graças aos avanços da bioinformática e das tecnologias da informação.

É embalado nas palavras do dramaturgo russo Anton Chekov que “não existe ciência nacional [...] assim como não há tabuada de multiplicação nacional” que a dupla de acadêmicos pretendem através de um software livre auxiliar na identificação automática dos cromossomos humanos.
O acadêmico Guilherme Kurtz explica a funcionalidade e vantagem do método desenvolvido. “Muitos sistemas utilizados nessas tarefas são úteis mas muitas vezes as imagens obtidas são de baixa qualidade”, avalia Kurtz. A alternativa criada pelo grupo guiado pelos professores Giovani Librelotto (Ciências da Computação), Luís Augusto Perles (Física Médica) e Michele Sagrilo (Biomedicina) consiste em facilitar as técnicas de visão do computador através de um processamento de imagem digital de software e hardware que facilite a interpretação cromossomática em diferentes etapas.

O processo

O processo em sua essência busca contemplar cinco fases: aquisição de imagem, pré-processamento, segmentação, reconhecimento e interpretação. Como são corriqueiros que problemas como entortamento, sobreposições e inclinações aconteçam na análise cromossômica os acadêmicos buscam minimizar esses efeitos através de um sistema computadorizado que atue com fim de eliminar ruídos para que não apareçam durante o realce do contraste – a isso chama-se de suavização de imagem.

Através de um capacitor alternativo como o filtro de passa alta find Edges (recurso do fotoshop) são realçadas as bordas do cromossomo em análise. A etapa seguinte é a transformação da imagem em imagem binária (cópia bit a bit do conteúdo de um HD, DVD ou qualquer outra mídia quanto todas as estruturas lógicas). Após o realce de contraste aplica-se a remoção de buracos (eliminação de buracos que passam causar perda de dados durante a segmentação).
A facilidade ao usuário é a interação de forma simples com a linguagem programática. Ao abrir uma janela mostra-se a imagem do cromossomo sobreposto bastando clicar nos limites de cada cromossomo.
O XII Simpósio de Ensino, Pesquisa e Extensão (SEPE) e o 4º Salão de Iniciação Científica iniciou nesta quarta (5) com a temática Nanociências na Universidade e segue até sexta (7). Aos interessados que queiram conferir os trabalhos basta comparecer no Conjunto I na rua dos Andradas, 1614 e na Sala de Exposições do Conjunto III, na rua Silva Jardim, 1175.